Využití materiálů na bázi TiO2 pro izolaci a purifikaci molekul RNA

Abstract

Diplomová práce je zaměřena na zavedení metody izolace a purifikace krátkých molekul RNA pomocí materiálů na bázi TiO2 s následnou detekcí pomocí hmotnostní spektrometrie. Podmínky izolace oligo RNA byly testovány a optimalizovány na TiO2 mikročásticích (Titansphere) a na magnetických nanotrubičkách (TiO2NTs@Fe3O4NPs). Výchozím biologickým materiálem byly T- a B-lymfatické nádorové buněčné linie JURKAT a RAJI. Bylo zjištěno, že pomocí TiO2 mikročástic lze ve vhodně zvolených podmínkách izolovat nukleové kyseliny a současně oddělit krátké molekuly RNA od dlouhých. Součástí práce bylo také zavedení komerčně dostupných technik izolace RNA a jejich porovnání s nově vyvíjeným postupem. Byla provedena optimalizace metody průkazu a identifikace krátkých RNA metodou elektroforetické separace na polyakrylamidovém gelu s močovinou. Byly zjištěny podmínky separace: 20% polyakrylamidový gel s 8M močovinou a barvení SYBRTM Green II. V neposlední řadě jsme se v této práci zaměřili na možnost průkazu a analýzy krátkých RNA pomocí hmotnostní spektrometrie. Pro optimalizaci preanalytické fáze byl sestaven panel matric, ze kterých byly vybrány matrice s vhodnými vlastnostmi pro následnou ionizaci sledovaných biomolekul.