Využití materiálů na bázi TiO2 pro izolaci a purifikaci molekul RNA

Smělá, Denisa

Publikace:
Využití materiálů na bázi TiO2 pro izolaci a purifikaci molekul RNA

Diplomová práceopen access

dc.contributor.advisor	Bílková, Zuzana
dc.contributor.author	Smělá, Denisa
dc.date.accepted	2018-06-04
dc.date.accessioned	2018-06-14T06:04:02Z
dc.date.available	2018-06-14T06:04:02Z
dc.date.issued	2018
dc.date.submitted	2018-05-10
dc.description.abstract	Diplomová práce je zaměřena na zavedení metody izolace a purifikace krátkých molekul RNA pomocí materiálů na bázi TiO2 s následnou detekcí pomocí hmotnostní spektrometrie. Podmínky izolace oligo RNA byly testovány a optimalizovány na TiO2 mikročásticích (Titansphere) a na magnetických nanotrubičkách (TiO2NTs@Fe3O4NPs). Výchozím biologickým materiálem byly T- a B-lymfatické nádorové buněčné linie JURKAT a RAJI. Bylo zjištěno, že pomocí TiO2 mikročástic lze ve vhodně zvolených podmínkách izolovat nukleové kyseliny a současně oddělit krátké molekuly RNA od dlouhých. Součástí práce bylo také zavedení komerčně dostupných technik izolace RNA a jejich porovnání s nově vyvíjeným postupem. Byla provedena optimalizace metody průkazu a identifikace krátkých RNA metodou elektroforetické separace na polyakrylamidovém gelu s močovinou. Byly zjištěny podmínky separace: 20% polyakrylamidový gel s 8M močovinou a barvení SYBRTM Green II. V neposlední řadě jsme se v této práci zaměřili na možnost průkazu a analýzy krátkých RNA pomocí hmotnostní spektrometrie. Pro optimalizaci preanalytické fáze byl sestaven panel matric, ze kterých byly vybrány matrice s vhodnými vlastnostmi pro následnou ionizaci sledovaných biomolekul.	cze
dc.description.abstract-translated	This thesis deals with the application of TiO2-based materials for isolation and purification of short RNA molecules with mass spectrometry used for its detection afterwards. Process of oligo RNA isolation has been tested for TiO2 microparticles (Titansphere) and magnetic nanotubes (TiO2NTs@Fe3O4NPs). Immortalized lines of human T- and B-lymphocyte cells were used as the source material. Nucleic acids can be isolated and short RNA molecules can be separated from longer ones by TiO2 microparticles in suitable conditions. Important part of this work was also implementation of comercialy available kits and comparison of their relative quantification with the newly developed method. To ensure quality detection of isolated RNA, the optimalization of electrophoretic separation using polyacrylamide gel with urea for the short RNAs analysis was done. The best conditions are: 20% polyacrylamide gel with 8M urea, died with SYBRTM Green II. Last, but not least, we focused on short RNA detection using mass spectrometry. We choose several matrix suitable for RNA analysis from the list of chemicals prepared for preanalytical phase optimalization.	eng
dc.description.defence	1. Prezentace výsledků diplomové práce. 2. Diskuze k posudku vedoucího a oponenta diplomové práce. 3. Studentka zodpověděla všechny dotazy a připomínky k DP.	cze
dc.description.department	Fakulta chemicko-technologická	cze
dc.description.grade	Dokončená práce s úspěšnou obhajobou	cze
dc.format	99 s.
dc.identifier	Univerzitní knihovna (studovna)	cze
dc.identifier.signature	D37631
dc.identifier.stag	35222
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/10195/70796
dc.language.iso	cze
dc.publisher	Univerzita Pardubice	cze
dc.rights	bez omezení	cze
dc.subject	miRNA	cze
dc.subject	oligo RNA	cze
dc.subject	TiO2	cze
dc.subject	extrakce na pevné fázi	cze
dc.subject	diskontinuální elektroforéza	cze
dc.subject	hmotnostní spektrometrie	cze
dc.subject	miRNA	eng
dc.subject	oligo RNA	eng
dc.subject	TiO2	eng
dc.subject	solid-phase extraction	eng
dc.subject	discontinous electrophoresis	eng
dc.subject	mass spectrometry	eng
dc.thesis.degree-discipline	Bioanalytik	cze
dc.thesis.degree-grantor	Univerzita Pardubice. Fakulta chemicko-technologická	cze
dc.thesis.degree-name	Mgr.
dc.thesis.degree-program	Speciální chemicko-biologické obory	cze
dc.title	Využití materiálů na bázi TiO2 pro izolaci a purifikaci molekul RNA	cze
dc.title.alternative	Application of TiO2-based materials for isolation and purification of RNA molecules	eng
dc.type	diplomová práce	cze
dspace.entity.type	Publication