Identifikace bakterie Francisella tularensis pomocí tandemové hmotnostní spektrometrie

Abstract

Identifikace mikroorganismů pomocí hmotnostní spektrometrie je založená na detekci specifických biomarkerů, nejčastěji proteinů. Metoda monitorování vybraných reakcí (SRM) umožňuje citlivou a vysoce selektivní analýzu proteinů. Franciesella tularensis byla identifikována na základě detekce jejich 28 charakteristických proteinů. Z čisté kultury byly působením detergentu získány celobuněčné lyzáty, které byly podrobeny enzymatickému štěpení. Vzniklé peptidy byly extrahovány a následně analyzovány hmotnostním spektrometrem. SRM metoda byla sestavena na základě měření spekter charakteristických proteinů, kde byly vybrány prekurzory, jejich fragmenty a přechody s nejvyšší intenzitou. Při měření vzorků byla posuzována přítomnost peptidu podle intenzity signálu, retenčního času a koelujícího signálu přechodů. Tímto způsobem byly měřeny vzorky ředěné na úrovni peptidů a na úrovni bakterií, u kterých byl stanoven detekční limit. Jako srovnávací metoda byla použita real-time PCR, u které byl rovněž stanoven detekční limit. Dále byly meřeny vzorky směsné kultury, u kterých bylo stanoveno nejvyšší možné ředění, ve kterém lze F. tularensis ještě rozpoznat. Nakonec byl analyzován simulovaný environmentální vzorek, který měl prokázat použitelnost této metody pro vzorky tohoto typu.