Identifikace bakterie Francisella tularensis pomocí tandemové hmotnostní spektrometrie

Jírková, Štěpánka

Publikace:
Identifikace bakterie Francisella tularensis pomocí tandemové hmotnostní spektrometrie

Diplomová práceOmezený přístup

dc.contributor.advisor	Hubálek, Martin
dc.contributor.author	Jírková, Štěpánka
dc.contributor.referee	Macela, Aleš
dc.date.accepted	2011
dc.date.accessioned	2011-06-01T12:57:06Z
dc.date.available	2011-06-01T12:57:06Z
dc.date.issued	2011
dc.description.abstract	Identifikace mikroorganismů pomocí hmotnostní spektrometrie je založená na detekci specifických biomarkerů, nejčastěji proteinů. Metoda monitorování vybraných reakcí (SRM) umožňuje citlivou a vysoce selektivní analýzu proteinů. Franciesella tularensis byla identifikována na základě detekce jejich 28 charakteristických proteinů. Z čisté kultury byly působením detergentu získány celobuněčné lyzáty, které byly podrobeny enzymatickému štěpení. Vzniklé peptidy byly extrahovány a následně analyzovány hmotnostním spektrometrem. SRM metoda byla sestavena na základě měření spekter charakteristických proteinů, kde byly vybrány prekurzory, jejich fragmenty a přechody s nejvyšší intenzitou. Při měření vzorků byla posuzována přítomnost peptidu podle intenzity signálu, retenčního času a koelujícího signálu přechodů. Tímto způsobem byly měřeny vzorky ředěné na úrovni peptidů a na úrovni bakterií, u kterých byl stanoven detekční limit. Jako srovnávací metoda byla použita real-time PCR, u které byl rovněž stanoven detekční limit. Dále byly meřeny vzorky směsné kultury, u kterých bylo stanoveno nejvyšší možné ředění, ve kterém lze F. tularensis ještě rozpoznat. Nakonec byl analyzován simulovaný environmentální vzorek, který měl prokázat použitelnost této metody pro vzorky tohoto typu.	cze
dc.description.abstract-translated	Identification of microorganisms by mass spectrometry is based on detection specific biomarkers, mostly proteins. Method of selected reaction monitoring (SRM) enables sensitive and high selective technice for protein analysis. Francisella tularensis was identified by detection of 28 characteristic proteins. First step of samples preparing consisted in cell lysis using detergent. Whole cells lyzates were enzymatically digested and peptides gained after extraction and were analysed by mass spectrometry. SRM method was based on measuring of spectra of characteristic proteins. Then precursors were chosen, their fragments and transitions with the highest intensity. Spectra were evaluated based on intensity, retention time and coeluting signals of transitions. Samples were evaluated in this way. Detection limits were determined for samples diluted on peptide and bacterial level. Real-time PCR has been used for comparison also with determination of the detection limit. Samples with mixture of cultures were analyzed and with the following dilution of the highest level , where F. tularensis could be detected. Simultaneous environmental samples were analyzed for confirmation of application of SRM method for this type of samples.	eng
dc.description.defence	Studentka přednesla obhajobu své diplomové práce a zodpověla dotazy zkušební komise.	cze
dc.description.department	Katedra analytické chemie	cze
dc.description.grade	Dokončená práce s úspěšnou obhajobou	cze
dc.format	88 s., 10 s. příloh	cze
dc.format.extent	984282 bytes
dc.format.mimetype	application/pdf
dc.identifier	Univerzitní knihovna (sklad)	cze
dc.identifier.signature	D23828
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/10195/38658
dc.language.iso	cze
dc.publisher	Univerzita Pardubice	cze
dc.rights	Práce bude přístupná bez omezení od roku 2021	cze
dc.subject	tandemová hmotnostní spektrometrie	cze
dc.subject	metoda monitorování vybraných reakcí	cze
dc.subject	SRM	cze
dc.subject	Francisella tularensis	cze
dc.subject	tandem mass spectrometry	eng
dc.subject	selection reaction monitoring	eng
dc.subject	SRM	eng
dc.subject	Francisella tularensis	eng
dc.thesis.degree-discipline	Hodnocení a analýza potravin	cze
dc.thesis.degree-grantor	Univerzita Pardubice. Fakulta chemicko-technologická	cze
dc.thesis.degree-name	Ing.
dc.thesis.degree-program	Chemie a technologie potravin	cze
dc.title	Identifikace bakterie Francisella tularensis pomocí tandemové hmotnostní spektrometrie	cze
dc.title.alternative	Identification of bacterium Francisella tularensis by tandem mass spectrometry	eng
dc.type	diplomová práce	cze
dspace.entity.type	Publication