Digitální knihovna UPCE přechází na novou verzi. Omluvte prosím případné komplikace. / The UPCE Digital Library is migrating to a new version. We apologize for any inconvenience.

Publikace:
Fluctuations of Bacteriochlorophyll’s Positions in B850 Ring from Photosynthetic Complex LH2

Článekopen accesspeer-reviewedpostprint
dc.contributor.authorHeřman, Pavelcze
dc.contributor.authorZapletal, Davidcze
dc.date.accessioned2017-05-11T11:21:52Z
dc.date.available2017-05-11T11:21:52Z
dc.date.issued2016eng
dc.description.abstractInteractions with environment have large impact on the properties of light–harvesting (LH) pigment–protein complexes. Some of these interactions could be modeled by different types of static disorder. Fluctuations of bacteriochlorophyll’s positions in B850 ring from LH2 complex of purple bacteria are investigated in present paper. The nearest neighbour approximation model of the ring is considered. Four modifications of such uncorrelated Gaussian static disorder type (fluctuations of radial positions of molecules on the ring, fluctuations of angular positions of molecules on the ring, fluctuations of molecular positions in perpendicular direction to the ring plane and fluctuations of molecular positions in arbitrary direction) are taking into account. The most important statistical properties of the nearest neighbour transfer integral distributions for different strengths of static disorder are calculated, discussed and compared.eng
dc.description.abstract-translatedInterakce s okolím silně ovlivňuje vlastnosti světlosběrných (LH) pigment-proteinových komplexů. Některé z těchto interakcí mohou být modelovány jako různé typy statického nepořádku. V tomto článku jsou zkoumány fluktuace poloh bakteriochlorofylu v prstenci B850 z LH2 komplexu z purpurových bakterií, přičemž je předpokládán model interakce mezi nejbližšími sousedy. V úvahu jsou brány čtyři modifikace takového nekorelovaného statického nepořádku (fluktuace poloh v radiálním směru, fluktuace poloh podél prstence, fluktuace poloh ve směru kolmém k prstenci a fluktuace poloh v libovolném směru). Jsou spočteny nejdůležitější statistické vlastnosti distribucí transfer integrálu mezi nejbližšími sousedy pro uvedené typy statického nepořádku. Výsledky jsou diskutovány a porovnány. Jsou prezentována simulovaná absorpční a stacionární fluorescenční spektra pro model periferní cyklické anténní jednotky LH2 z purpurových bakterií. V rámci modelu plného hamiltoniánu jsou počítána spektra pro komplexnější systém (prstenec B850 a B800) a tyto výsledky jsou porovnávány s předchozími výsledky získanými v rámci modelu aproximace nejbližších sousedů. Do simulací je zahrnut dynamický nepořádek - interakce s fononovou lázní v Markovovské aproximaci - současně s nekorelovaným statickým nepořádkem v lokálních excitačních energiích. Pro výpočet spektrální odezvy systému s exciton-fononovou vazbou je použita Mukamelova metoda kumulantů. Je též zkoumána lokalizace excitonových stavu.cze
dc.formatp. 381-389eng
dc.identifier.issn1998-0159eng
dc.identifier.obd39878392eng
dc.identifier.scopus2-s2.0-85007414023
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/10195/67734
dc.language.isoengeng
dc.peerreviewedyeseng
dc.publicationstatuspostprinteng
dc.relation.ispartofInternational Journal of Mathematics and Computers in Simulation, volume 10, issue: prosineceng
dc.relation.publisherversionhttp://www.naun.org/main/NAUN/mcs/2016/a962002-279.pdf
dc.rightsopen accesseng
dc.subjectLH2eng
dc.subjectB850 ringeng
dc.subjectstatic disordereng
dc.subjectHamiltonianeng
dc.subjecttransfer integral distributionseng
dc.titleFluctuations of Bacteriochlorophyll’s Positions in B850 Ring from Photosynthetic Complex LH2eng
dc.title.alternativeFluktuace poloh bakteriochlorofylů v prstenci B850 z fotosyntetického komplexu LH2cze
dc.typeArticleeng
dspace.entity.typePublication

Soubory

Původní svazek

Nyní se zobrazuje 1 - 1 z 1
Načítá se...
Náhled
Název:
paper_Herman_Zapletal.pdf
Velikost:
2.82 MB
Formát:
Adobe Portable Document Format