Využití H/D výměny ke studiu strukturních změn proteinového komplexu Tomm34 a Hsp70/90

Černá, Dominika

Publikace:
Využití H/D výměny ke studiu strukturních změn proteinového komplexu Tomm34 a Hsp70/90

Diplomová práceOmezený přístup

dc.contributor.advisor	Hernychová, Lenka	cze
dc.contributor.author	Černá, Dominika
dc.date.accepted	2014	cze
dc.date.accessioned	2014-06-19T10:18:33Z
dc.date.available	2014-06-19T10:18:33Z
dc.date.issued	2014
dc.description.abstract	Cílem diplomové práce byla analýza interakce proteinu Tomm34 s peptidy Hsp70/Hsp90 metodou H/D výměny ve spojení s hmotnostní spektrometrií. Dílčími cíli bylo: (1) optimalizovat přípravu vzorku pro H/D výměnu, (2) provést peptidové mapování proteinu Tomm34 a (3) popsat jeho strukturu. Prvním krokem byla optimalizace přípravy vzorku pro H/D výměnu. Experimentálně bylo stanoveno množství přidávaného glycinu, který byl použit k zastavení H/D výměny tak, aby dané množství zajistilo pokles pH na požadovanou hodnotu. Dalším krokem bylo peptidové mapování proteinu Tomm34 po štěpení na koloně s imobilizovaným pepsinem. Informace o detekovaných peptidech byly použity k vyhledání odpovídajících peptidů v hmotnostních spektrech deuterovaných vzorků. Experiment H/D výměny byl proveden pro samostatný protein Tomm34, pro Tomm34 v komplexu s C-koncovým peptidem Hsp70 a pro Tomm34 v komplexu s C-koncovým peptidem Hsp90. Získaná data ukázala, že protein Tomm34 interaguje s peptidy Hsp70 i Hsp90. Domény TPR1 a TPR2 proteinu Tomm34 byly specificky chráněny proti výměně amidových vodíků oběma peptidy. Doména TPR1 byla preferenčně chráněná peptidem Hsp70 a doména TPR2 byla preferenčně chráněná peptidem Hsp90.	cze
dc.description.abstract-translated	The aim of this thesis was to analyze interactions between protein Tomm34 and Hsp70/Hsp90 peptides by H/D exchange coupled to mass spectrometry. Partial aims were to (1) optimize sample preparation for H/D exchange, (2) perform peptide mapping for protein Tomm34 and (3) describe its structure. The first step was optimization of sample preparation for H/D exchange. Amount of glycin which was used for quenching of H/D exchange by lowering of pH, was determined experimentally. Next step was peptide mapping of Tomm34, which was digest on pepsin column. Informations about detected peptides were used for the founding of peptides in mass spectra obtained by analysis of deuterated samples. H/D exchange was performed for Tomm34, Tomm34 in complex with C-terminal peptide of Hsp70 and Tomm34 in complex with C-terminal peptide of Hsp90. Our data showed that Tomm34 nteracts with peptide of Hsp70 and also with peptide of Hsp90. TPR1 and TPR2 domains of Tomm34 was specifically protected from deuteration by the presence of both peptides. Protection of TPR1 domain was preferentially mediated by Hsp70 while protection of TPR2 was preferentially mediated by Hsp90.	eng
dc.description.defence	1. Prezentace výsledků diplomové práce. 2. Diskuze k posudku vedoucího a oponenta bakalářské práce. 3. Studentka zodpověděla všechny dotazy a připomínky k DP.	cze
dc.description.department	Katedra biologických a biochemických věd	cze
dc.description.grade	Dokončená práce s úspěšnou obhajobou	cze
dc.format	90 s.	cze
dc.format.extent	2349002 bytes	cze
dc.format.mimetype	application/pdf	cze
dc.identifier	Univerzitní knihovna (studovna)	cze
dc.identifier.signature	D29889	cze
dc.identifier.stag	23774	cze
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/10195/56498
dc.language.iso	cze
dc.publisher	Univerzita Pardubice	cze
dc.rights	Pouze v rámci univerzity	cze
dc.subject	H/D výměna	cze
dc.subject	hmotnostní spektrometrie	cze
dc.subject	Tomm34	cze
dc.subject	Hsp70	cze
dc.subject	Hsp90	cze
dc.subject	H/D exchange	eng
dc.subject	mass spectrometry	eng
dc.thesis.degree-discipline	Analýza biologických materiálů	cze
dc.thesis.degree-grantor	Univerzita Pardubice. Fakulta chemicko-technologická	cze
dc.thesis.degree-name	Mgr.	cze
dc.thesis.degree-program	Speciální chemicko-biologické obory	cze
dc.title	Využití H/D výměny ke studiu strukturních změn proteinového komplexu Tomm34 a Hsp70/90	cze
dc.title.alternative	Utilization of H/D exchange method to study structure changes of protein complex Tomm34 and Hsp70/90	eng
dc.type	diplomová práce	cze
dspace.entity.type	Publication