Proteomická analýza vzorků infikované tkáně získaných pomocí laserové mikrodisekce

Abstract

Laserová mikrodisekce (LMD) je metoda, s jejíž pomocí se připravují vzorky pro různá bioanalytická stanovení. Příprava spočívá v izolaci požadované oblasti buněk z tkáňových či buněčných preparátů. LMD se používá hlavně pro účely genomické analýzy. V posledních letech se objevují studie, které tuto metodu využívají pro přípravu vzorků určených k proteomické analýze. Nejčastěji jsou v proteomice využívána spojení LMD s elektroforetickými metodami, po nichž následuje analýza proteinů hmotnostní spektrometrií. V menší míře se vyskytují práce, jejichž postupy jsou založené na kombinaci LMD přímo s hmotnostní spektrometrií. V této práci byla provedena proteomická analýza infikovaných tkání kůže myší s cílem identifikovat bakteriální proteiny. Tkáně byly získány z myší linie Balb/c infikovaných bakteriálním kmenem Francisella tularensis LVS/GFP. Použití tohoto bakteriálního kmene bylo ověřeno v in vitro pokusech na buněčné makrofágové linii J774. Pro důkaz bakteriální infekce v odebraných tkáních bylo využito mikroskopického hodnocení imunochemicky barvených histologických preparátů. Kontrolou, potvrzující přítomnost Francisella tularensis v zpracovávaných tkáních byla detekce bakteriálních proteinů IglC, IglB, nebo FTT1103 pomocí Western blotu. U vzorků získaných z LMD za použití fluorescenční mikroskoplie a vzorků celých tkáňových řezů byla provedena hmotnostní analýza proteinů Francisella tularensis na LC-ESI-QTOF. Z celkového počtu dvaceti vzorků (16 LMD vzorků a 4 vzorky celých tkáňových řezů) bylo v programu Phenyx identifikováno 52 peptidových sekvencí a k nim přiřazeno 34 proteinů.