Proteomická analýza vzorků infikované tkáně získaných pomocí laserové mikrodisekce

Jedličková, Veronika

Publikace:
Proteomická analýza vzorků infikované tkáně získaných pomocí laserové mikrodisekce

Diplomová práceopen access

dc.contributor.advisor	Hubálek, Martin
dc.contributor.author	Jedličková, Veronika
dc.date.accepted	2009
dc.date.accessioned	2009-07-03T13:23:00Z
dc.date.available	2009-07-03T13:23:00Z
dc.date.issued	2009
dc.description.abstract	Laserová mikrodisekce (LMD) je metoda, s jejíž pomocí se připravují vzorky pro různá bioanalytická stanovení. Příprava spočívá v izolaci požadované oblasti buněk z tkáňových či buněčných preparátů. LMD se používá hlavně pro účely genomické analýzy. V posledních letech se objevují studie, které tuto metodu využívají pro přípravu vzorků určených k proteomické analýze. Nejčastěji jsou v proteomice využívána spojení LMD s elektroforetickými metodami, po nichž následuje analýza proteinů hmotnostní spektrometrií. V menší míře se vyskytují práce, jejichž postupy jsou založené na kombinaci LMD přímo s hmotnostní spektrometrií. V této práci byla provedena proteomická analýza infikovaných tkání kůže myší s cílem identifikovat bakteriální proteiny. Tkáně byly získány z myší linie Balb/c infikovaných bakteriálním kmenem Francisella tularensis LVS/GFP. Použití tohoto bakteriálního kmene bylo ověřeno v in vitro pokusech na buněčné makrofágové linii J774. Pro důkaz bakteriální infekce v odebraných tkáních bylo využito mikroskopického hodnocení imunochemicky barvených histologických preparátů. Kontrolou, potvrzující přítomnost Francisella tularensis v zpracovávaných tkáních byla detekce bakteriálních proteinů IglC, IglB, nebo FTT1103 pomocí Western blotu. U vzorků získaných z LMD za použití fluorescenční mikroskoplie a vzorků celých tkáňových řezů byla provedena hmotnostní analýza proteinů Francisella tularensis na LC-ESI-QTOF. Z celkového počtu dvaceti vzorků (16 LMD vzorků a 4 vzorky celých tkáňových řezů) bylo v programu Phenyx identifikováno 52 peptidových sekvencí a k nim přiřazeno 34 proteinů.	cze
dc.description.abstract-translated	Laser microdissection (LMD) is a method that is used for preparation of variety of bioanalytical assays. Requiered section is isolated from tissues or cells by this method. Currently, LMD is mostly used for genomic analyses. New studies that apply LMD for preparation of proteomic samples has emerged. Usually LMD samples are separated by electrophoretic methods followed by mass spectrometry. Less often LMD is combined directly with mass spectrometry. Proteomic analysis of infected skin tissues of mice aiming to identify bacterial proteins was performed. Tissues were dissected from Balb/c mice infected by Francisella tularensis LVS/GFP. In vitro tests to confirm the application of GFP bacterial strain in order to visualise the bacteria in situ was performed. Also, immunohistochemical staining confirmed the bacteria at the site of developed granulomas, as well as presence specific bacterial proteins IglC, IglB or FTT1103 by Western blotting. The samples from LMD of fluorescent microscopy and the whole cryosection were analysed by LC-ESIQTOF. There were 52 peptide sequences identifying 34 proteins out of twenty samples (16 LMD and 4 cryosections) found.	eng
dc.description.department	Katedra biologických a biochemických věd	cze
dc.description.grade	Dokončená práce s úspěšnou obhajobou	cze
dc.format	89 s.	cze
dc.format.extent	4485175 bytes
dc.format.mimetype	application/pdf
dc.identifier	Univerzitní knihovna (sklad)	cze
dc.identifier.signature	D20320
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/10195/34287
dc.language.iso	cze
dc.publisher	Univerzita Pardubice	cze
dc.rights	Bez omezení	cze
dc.subject	laser microdissection	eng
dc.subject	tandem mass spectrometry	eng
dc.subject	proteomic analysis	eng
dc.subject	fluorescent microscopy	eng
dc.subject	laserová mikrodisekce	cze
dc.subject	tandemová hmotnostní spektrometrie	cze
dc.subject	Francisella tularensis	cze
dc.subject	proteomická analýza	cze
dc.subject	fluorescenční mikroskopie	cze
dc.thesis.degree-discipline	Analýza biologických materiálů	cze
dc.thesis.degree-grantor	Univerzita Pardubice. Fakulta chemicko-technologická	cze
dc.thesis.degree-name	Mgr.	cze
dc.thesis.degree-program	Speciální chemicko-biologické obory	cze
dc.title	Proteomická analýza vzorků infikované tkáně získaných pomocí laserové mikrodisekce	cze
dc.title.alternative	Proteomic analysis of infected tissue samples acquired by laser microdissection	eng
dc.type	diplomová práce	cze
dspace.entity.type	Publication