Identifikace bakterie Francisella tularensis pomocí tandemové hmotnostní spektrometrie - Jírková, Štěpánka (Univerzita Pardubice, 2011)
Identifikace mikroorganismů pomocí hmotnostní spektrometrie je založená na detekci specifických biomarkerů, nejčastěji proteinů. Metoda monitorování vybraných reakcí (SRM) umožňuje citlivou a vysoce selektivní analýzu proteinů. Franciesella tularensis byla identifikována na základě detekce jejich 28 charakteristických proteinů. Z čisté kultury byly působením detergentu získány celobuněčné lyzáty, které byly podrobeny enzymatickému štěpení. Vzniklé peptidy byly extrahovány a následně analyzovány hmotnostním spektrometrem. SRM metoda byla sestavena na základě měření spekter charakteristických proteinů, kde byly vybrány prekurzory, jejich fragmenty a přechody s nejvyšší intenzitou. Při měření vzorků byla posuzována přítomnost peptidu podle intenzity signálu, retenčního času a koelujícího signálu přechodů. Tímto způsobem byly měřeny vzorky ředěné na úrovni peptidů a na úrovni bakterií, u kterých byl stanoven detekční limit. Jako srovnávací metoda byla použita real-time PCR, u které byl rovněž stanoven detekční limit. Dále byly meřeny vzorky směsné kultury, u kterých bylo stanoveno nejvyšší možné ředění, ve kterém lze F. tularensis ještě rozpoznat. Nakonec byl analyzován simulovaný environmentální vzorek, který měl prokázat použitelnost této metody pro vzorky tohoto typu.
Identification of bacterium Francisella tularensis by tandem mass spectrometry
Keywords: tandemová hmotnostní spektrometrie; metoda monitorování vybraných reakcí; SRM; Francisella tularensis; tandem mass spectrometry; selection reaction monitoring; SRM; Francisella tularensis