Kvantifikace proteinových vzorků pomocí hmotnostní spektrometrie s využitím stabilních izotopových značek - Vykydalová, Iva (Univerzita Pardubice, 2021)
Tato diplomová práce se zabývá relativní kvantifikací proteinů s využitím stabilních izotopových značek ve vzorcích lidské plazmy pacientů s dilatační kardiomyopatií. Experimentální část práce představuje komparativní proteomickou analýzu zahrnující přípravu proteomického vzorku k analýze - deplece abundantních proteinů, denaturace, redukce, alkylace a acetonová precipitace, tryptické štěpení a značení vzorků izobarickými TMT-sixplex značkami. Takto připravené vzorky byly podrobeny frakcionaci, která byla provedena třemi různými chromatografickými technikami, a to v manuálním uspořádání využívající plynotěsnou mikrostříkačku a příslušnou kapilární kolonku. Kromě již zavedených technik manuální frakcionace peptidů na reverzní fázi v bazickém prostředí a hydrofilní interakční chromatografie byla optimalizována třetí frakcionační technika - iontoměničová chromatografie na silném katexu. Získané frakce byly proměřeny nejprve pomocí LC-UV a následně LC-MS/MS analýzy. K bioinformatickému zpracování dat byl využit software Proteome Discoverer. Některé proteiny s identifikovanou změnou zastoupení mezi analyzovanými skupinami byly popsány.
Quantification of protein samples using mass spectrometry and stable isotope labeling
Keywords: manuální frakcionace; TMT-sixplex; SCX; hmotnostní spektrometrie; bioinformatika; manual fractionation; TMT-sixplex; SCX; mass spectrometry; bioinformatics