Tato bakalářská práce se zabývá stanovením mykotoxinů v obilovinách. Teoretická část zahrnuje charakterizaci jednotlivých mikromycet a jejich sekundárních toxických metabolitů, tzn. mykotoxinů. Práce je zaměřena na tři nejčastěji se vyskytující plísně rodů Aspergillus, Penicillium a Fusarium. Následně jsou popisovány vybrané mykotoxiny. Experimentální část práce je věnována izolaci trichothecenových mykotoxinů z kontaminovaného ječmene pomocí různých rozpouštědel a následnému stanovení s využitím HPLC/MS techniky. V ječmeni byly prokázány toxiny HT-2 a T-2, přičemž nejlepší extrakční účinnosti bylo dosaženo s využitím vodného roztoku acetonitrilu.