Tato diplomová práce je zaměřena na optimalizaci elektroforetické separace oligosacharidů s cílem dosáhnout sub-minutové doby analýzy. V rámci měření byly testovány vlivy délky a vnitřního průměru separační kapiláry, složení základního elektrolytu, separačních podmínek (vložené napětí, teplota) a vlivy přídavku organických rozpouštědel. Oligosacharidy byly derivatizovány reduktivní aminací s činidlem 8-aminonaftalen-1,3,6-trisulfonovou kyselinou. Uvedené postupy jsou rešeršně popsány v teoretické části této diplomové práce. V experimentální části byly nalezeny podmínky poskytující optimální analýzu oligosacharidů v organickém pufru. Zjištěné výsledky jsou porovnány a diskutovány s ohledem na co nejkratší dobu separace a předpoklad chování po převedení do mikročipového formátu.