Využití H/D výměny ke studiu strukturních změn proteinového komplexu Tomm34 a Hsp70/90
Diplomová práceOmezený přístupDatum publikování
2014
Autoři
Vedoucí práce
Oponent
Název časopisu
Název svazku
Vydavatel
Univerzita Pardubice
Abstrakt
Cílem diplomové práce byla analýza interakce proteinu Tomm34 s peptidy Hsp70/Hsp90 metodou H/D výměny ve spojení s hmotnostní spektrometrií.
Dílčími cíli bylo: (1) optimalizovat přípravu vzorku pro H/D výměnu, (2) provést peptidové mapování proteinu Tomm34 a (3) popsat jeho strukturu.
Prvním krokem byla optimalizace přípravy vzorku pro H/D výměnu. Experimentálně bylo stanoveno množství přidávaného glycinu, který byl použit k zastavení H/D výměny tak, aby dané množství zajistilo pokles pH na požadovanou hodnotu. Dalším krokem bylo peptidové mapování proteinu Tomm34 po štěpení na koloně s imobilizovaným pepsinem. Informace o detekovaných peptidech byly použity k vyhledání odpovídajících peptidů v hmotnostních spektrech deuterovaných vzorků. Experiment H/D výměny byl proveden pro samostatný protein Tomm34, pro Tomm34 v komplexu s C-koncovým peptidem Hsp70 a pro Tomm34 v komplexu s C-koncovým peptidem Hsp90.
Získaná data ukázala, že protein Tomm34 interaguje s peptidy Hsp70 i Hsp90. Domény TPR1 a TPR2 proteinu Tomm34 byly specificky chráněny proti výměně amidových vodíků oběma peptidy. Doména TPR1 byla preferenčně chráněná peptidem Hsp70 a doména TPR2 byla preferenčně chráněná peptidem Hsp90.
Rozsah stran
90 s.
ISSN
Trvalý odkaz na tento záznam
Projekt
Zdrojový dokument
Vydavatelská verze
Přístup k e-verzi
Pouze v rámci univerzity
Název akce
ISBN
Studijní obor
Analýza biologických materiálů
Studijní program
Speciální chemicko-biologické obory
Signatura tištěné verze
D29889
Umístění tištěné verze
Univerzitní knihovna (studovna)
Přístup k tištěné verzi
Klíčová slova
H/D výměna, hmotnostní spektrometrie, Tomm34, Hsp70, Hsp90, H/D exchange, mass spectrometry