Proteomická analýza vzorků infikované tkáně získaných pomocí laserové mikrodisekce
Diplomová práceStatus neznámýDatum publikování
2009
Autoři
Vedoucí práce
Oponent
Název časopisu
Název svazku
Vydavatel
Univerzita Pardubice
Abstrakt
Laserová mikrodisekce (LMD) je metoda, s jejíž pomocí se připravují vzorky pro různá bioanalytická stanovení. Příprava spočívá v izolaci požadované oblasti buněk z tkáňových či buněčných preparátů. LMD se používá hlavně pro účely genomické analýzy. V posledních letech se objevují studie, které tuto metodu využívají pro přípravu vzorků určených k proteomické analýze. Nejčastěji jsou v proteomice využívána spojení LMD s elektroforetickými metodami, po nichž následuje analýza proteinů hmotnostní spektrometrií. V menší míře se vyskytují práce, jejichž postupy jsou založené na kombinaci LMD přímo s hmotnostní spektrometrií. V této práci byla provedena proteomická analýza infikovaných tkání kůže myší s cílem identifikovat bakteriální proteiny. Tkáně byly získány z myší linie Balb/c infikovaných bakteriálním kmenem Francisella tularensis LVS/GFP. Použití tohoto bakteriálního kmene bylo ověřeno v in vitro pokusech na buněčné makrofágové linii J774. Pro důkaz bakteriální infekce v odebraných tkáních bylo využito mikroskopického hodnocení imunochemicky barvených histologických preparátů. Kontrolou, potvrzující přítomnost Francisella tularensis v zpracovávaných tkáních byla detekce bakteriálních proteinů IglC, IglB, nebo FTT1103 pomocí Western blotu. U vzorků získaných z LMD za použití fluorescenční mikroskoplie a vzorků celých tkáňových řezů byla provedena hmotnostní analýza proteinů Francisella tularensis na LC-ESI-QTOF. Z celkového počtu dvaceti vzorků (16 LMD vzorků a 4 vzorky celých tkáňových řezů) bylo v programu Phenyx identifikováno 52 peptidových sekvencí a k nim přiřazeno 34 proteinů.
Rozsah stran
89 s.
ISSN
Trvalý odkaz na tento záznam
Projekt
Zdrojový dokument
Vydavatelská verze
Přístup k e-verzi
Bez omezení
Název akce
ISBN
Studijní obor
Analýza biologických materiálů
Studijní program
Speciální chemicko-biologické obory
Signatura tištěné verze
D20320
Umístění tištěné verze
Univerzitní knihovna (sklad)
Přístup k tištěné verzi
Klíčová slova
laser microdissection, tandem mass spectrometry, proteomic analysis, fluorescent microscopy, laserová mikrodisekce, tandemová hmotnostní spektrometrie, Francisella tularensis, proteomická analýza, fluorescenční mikroskopie