Genotypizace streptokoků se skupinovým antigenem G metodou polymerázové řetězové reakce

Abstract

V rámci předložené diplomové práce jsme zavedli druhově specifickou polymerázovou řetězovou reakci pro druhovou identifikaci kmenů streptokoků se skupinovým antigenem G izolovaných z klinického materiálu humánní provenience. Dále jsme se zabývali detekcí genu kódujícího streptolyzin S, a to rovněž s využitím polymerázové řetězové reakce. Provedli jsme optimalizaci polymerázové řetězové reakce pro průkaz Streptococcus (S.) canis s využitím primerů cI a cII. Detekční limit této reakce jsme stanovili na 130 pg DNA. Dále jsme pak zavedli zcela novou metodu polymerázové řetězové reakce pro identifikaci S. dysgalactiae ssp. equisimilis. Detekčním limitem této reakce je 1,4 ng DNA. Celkem jsme zpracovali 141 kmenů streptokoků se skupinovým antigenem G získaných od lidí z různého klinického materiálu. DNA jsme izolovali fenol-chloroformovou extrakcí z 24-hodinové kultury pomnožené v Todd-Hewitově bujónu. U 133 kmenů jsme pomocí druhově specifické PCR prokázali druh S. dysgalactiae ssp. equisimilis. Žádný z kmenů nebyl pomocí PCR identifikován jako S. canis. Zbývajících 8 kmenů nebylo možné zařadit ani do jednoho z těchto dvou druhů. Naproti tomu bylo na základě fenotypových vlastností 119 kmenů identifikováno jako S. dysgalactiae ssp. equisimilis, 8 kmenů jako S. canis a 2 kmeny jako S. uberis. Zbývajících 12 kmenů se podařilo zařadit pouze mezi streptokoky se skupinovým antigenem G. Rozdíly mezi výsledky mikrobiologického vyšetření a výsledky polymerázové řetězové reakce mohou být způsobeny variabilitou fenotypových vlastností vyšetřovaných kmenů, které nemusí přesně vždy odpovídat standardním vlastnostem uváděným pro jednotlivé druhy. V neposlední řadě jsme zavedli polymerázovou řetězovou reakci pro průkaz genu kódujícího streptolyzin S s využitím primerů SI a SII. Detekční limit této reakce jsme stanovili na 1,6 ng DNA.