Pro určení změn v glykozylaci imunoglobulinů byly štěpením jak imobilizovanými, tak i solubilními enzymy získány fragmenty IgG. Fc fragment po naštěpení imobilizovaným papainem byl izolován afinitní chromatografií na proteinu A a následně deglykozylován PNgázou F a degalaktolyzován beta-galaktosidázou. Tyto dva zmiňované enzymy byly užity v solubilní formě. Takto modifikované Fc fragmenty byly následně štěpeny na kratší peptidové fragmenty imobilizovaným trypsinem a analyzovány HPLC technikou sdruženou s MS. Veškeré dílčí kroky byly kontrolovány SDS-PAGE elektroforézou.