Analýza proteinů a peptidů bakterie Francisella tularensis za účelem výběru identifikačních a typizačních markerů

Abstract

Analýza proteinů a peptidů intracelulární bakterie Francisella tularensis pomocí hmotnostní spektrometrie odhalila identifikační a typizační markery, které mohou pomoci k rychlé detekci tohoto potencionálního bojového agens. Proteiny byly získány z bakteriálních acetonitrilových extraktů a celobuněčných lyzátů. Štěpením proteinů proteolytickým enzymem trypsinem byly získány peptidy, které byly následně analyzovány kombinací separační techniky vysokoúčinné kapalinové chromatografie s analýzou tandemovou hmotnostní spektrometrií. Naměřená data byla poté zpracována databázovým vyhledávacím programem Phenyx. Použitými nástroji pro nalezení identifikačních a typizačních markerů byly databáze DataProt a UniProt. Těmito metodami se podařilo detekovat a identifikovat velké množství proteinů a peptidů. Zpracováním dat bylo v této datové sadě objeveno 34 peptidů Francisella tularensis holarctica LVS a 63 peptidů Francisella tularensis tularensis Schu S4, které se vyskytovaly v 80 % všech vzorků (bez ohledu na metodu přípravy vzorků). Porovnáním sekvencí proteinů mezi různými kmeny dané bakterie se podařilo určit 11 peptidů obsažených v 80 % vzorků, v jejichž sekvenci se nachází odlišné aminokyselinové místo v závislosti na daném kmenu bakterie. Tyto peptidy se mohou stát vhodnými kandidáty pro identifikaci a typizaci Francisella tularensis.