Chemická derivatizace proteinů a peptidů pro usnadnění jejich de novo sekvenace

Suchánková, Denisa

Publikace:
Chemická derivatizace proteinů a peptidů pro usnadnění jejich de novo sekvenace

Diplomová práceopen access

dc.contributor.advisor	Bílková, Zuzana
dc.contributor.author	Suchánková, Denisa
dc.contributor.referee	Šebela, Marek	cze
dc.date.accepted	2017-06-05
dc.date.accessioned	2017-06-22T06:10:31Z
dc.date.available	2017-06-22T06:10:31Z
dc.date.issued	2017
dc.date.submitted	2017-05-12
dc.description.abstract	Předložená diplomová práce se zabývá technikami úpravy proteomického vzorku pro snadnější interpretaci tandemových hmotnostních spekter za účelem de novo sekvenace proteinů. V experimentální části byly provedeny modifikační reakce tryptických peptidů myoglobinu. Na stacionární fázi v kolonce (s následující separací) byly provedeny reakce s O-methylisomočovinou a 4-sulfofenylisothiokyanátem, dále dimethylace formaldehydem (lehkým a deuterovaným). V roztoku byla provedena reakce s 4-chlorosulfofenylisothiokyanátem a esterifikace peptidických karboxylů ethanolem. Jako efektivní metody se ukázaly být oba typy modifikačních reakcí prováděných na kolonce. Modifikace O-methylisomočovinou a 4-sulfofenylisothiokyanátem poskytovala přehledná fragmentační spektra obsahující y-ionty, což spolu s protokolem pro aplikaci obohacení peptidů obsahujících sulfonové skupiny usnadňuje hmotnostně spektrometrickou analýzu složitějších směsí. Podobně dimethylace peptidů pomocí formaldehydu po jejich předchozí guadinylaci umožnila identifikovat N-terminální ionty pomocí dvojic píků s konstantním rozdílem a usnadnit tak interpretaci MS/MS spekter peptidů.	cze
dc.description.abstract-translated	Presented diploma thesis deals with sample modification techniques for facilitated interpretation of tandem mass spectra during de novo sequencing of proteins. In the experimental part, the modification reactions of tryptic peptides from equine myoglobin were carried out. Modification with O-methylisourea hemisulfate, sodium 4-sulfophenylisothiocyanate and dimethylation with light and heavy formaldehyde were carried out on the stationary phase inside a chromatography column with the optional following separation of modified peptides. Modifications with 4-chlorosulfophenylisocyanate and esterification of peptide carboxyl groups with ethanol were carried out on the stationary phase dispensed in solution. Modification with O-methylisourea hemisulfate and sodium 4-sulfophenylisothicyanate yielded with MS/MS spectrum only with y-ions, which facilitates mass spectrometry analysis of more complex samples especially in combination with a protocol for enrichment of peptides containing sulfonic group. Similarly, peptide dimethylation with formaldehyde after preceding guanidylation reaction, enabled also identification of N-terminal ions due to the presences of peak pairs showing a constant difference and thus facilitated interpretation of MS/MS spectrum of fragmented peptides.	eng
dc.description.defence	1) Prezentace výsledků diplomové práce. 2) Diskuze k posudku vedoucího a oponenta diplomové práce. 3) Studentka zodpověděla všechny dotazy a připomínky k DP.	cze
dc.description.department	Fakulta chemicko-technologická	cze
dc.description.grade	Dokončená práce s úspěšnou obhajobou	cze
dc.format	93 s.
dc.identifier	Univerzitní knihovna (studovna)	cze
dc.identifier.signature	D35775
dc.identifier.stag	32882
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/10195/68488
dc.language.iso	cze
dc.publisher	Univerzita Pardubice	cze
dc.rights	Bez omezení
dc.subject	De novo sekvenace	cze
dc.subject	chemická derivatizace	cze
dc.subject	hmotnostní spektrometrie	cze
dc.subject	MALDI-TOF/TOF MS	cze
dc.subject	De novo sequencing	eng
dc.subject	chemical derivatization	eng
dc.subject	mass spectrometry	eng
dc.thesis.degree-discipline	Analýza biologických materiálů	cze
dc.thesis.degree-grantor	Univerzita Pardubice. Fakulta chemicko-technologická	cze
dc.thesis.degree-name	Mgr.
dc.thesis.degree-program	Speciální chemicko-biologické obory	cze
dc.title	Chemická derivatizace proteinů a peptidů pro usnadnění jejich de novo sekvenace	cze
dc.title.alternative	Chemical derivatization of proteins and peptides for facilitating their de novo sequencing	eng
dc.type	diplomová práce	cze
dspace.entity.type	Publication