Etiologické příčiny hypertrofické kardiomyopatie - analýza genů MyBPC3 a TNNT2

Drimlová, Veronika

Publikace:
Etiologické příčiny hypertrofické kardiomyopatie - analýza genů MyBPC3 a TNNT2

Diplomová práceOmezený přístup

dc.contributor.advisor	Mužáková, Vladimíra	cze
dc.contributor.author	Drimlová, Veronika
dc.date.accepted	2010	cze
dc.date.accessioned	2010-07-03T17:13:24Z
dc.date.available	2010-07-03T17:13:24Z
dc.date.issued	2010
dc.description.abstract	Hypertrofická kardiomyopatie (HCM) je dědičné onemocnění způsobené mutacemi v genech pro sarkomerické proteiny. HCM se vyskytuje asi u 0,2 % dospělé populace. Nejzávažnějším a často prvním projevem HCM je náhlá smrt. Cílem diplomové práce bylo genetické vyšetření skupiny pacientů s diagnózou hypertrofické kardiomyopatie. Byly analyzovány geny pro myozinový vazebný protein C (MyBPC3) a troponin T (TNNT2). Fragmenty genů MyBPC3 a TNNT2 jsme amplifikovali polymerázovou řetězovou reakcí, u které jsme optimalizovali teploty annealingu pro jednotlivé exony. Poté jsme pomocí konformačního polymorfismu jednořetězců určili migrační vzory u analyzovaných PCR produktů. Produkty, které vykazovaly odlišnou mobilitu ve srovnání se standardními vzorky jsme sekvenovali, a tím určili primární strukturu DNA. Odhalené sekvenční změny jsme porovnávali s databázemi mutací a dostupnou literaturou. Mutační analýzou jsme vyšetřili 33 exonů genu MyBPC3 a 15 exonů genu TNNT2 celkem u 47 pacientů. V případě genu MyBPC3 bylo detekováno 18 typů změn u 31 (66 %) pacientů. U 27 (57 %) pacientů jsme určili 31 polymorfismů. Identifikovali jsme 5 mutací u 4 (9 %) pacientů. V této skupině pacientů jsme detekovali čtyři frameshift mutace a jednu missense mutaci. Dále jsme u 18 (38 %) pacientů objevili 35 změn nejasného významu. V genu pro troponin T jsme odhalili 10 typů změn u 47 (100 %) pacientů. Celkem jsme v této skupině pacientů detekovali 185 polymorfismů čtyř typů v homozygotní i heterozygotní formě. Dále jsme u 45 (96 %) pacientů identifikovali 112 intronových změn nejasného významu. Výsledky získané během této studie budou zavedeny do rutinní praxe v Laboratoři molekulární biologie Onkologického centra J. G. Mendela	cze
dc.description.abstract-translated	Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is a hereditary disease caused by mutations in genes for sarcomeric proteins. HCM occurs in about 0.2% of the adult population. The most serious and often the first manifestation of HCM is sudden death. The aim of this work was a genetic screening of group of patients with hypertrophic cardiomyopathy. We analysed genes encoding myosin binding protein C (MyBPC3) and troponin T (TNNT2). We amplified fragments of genes MyBPC3 and TNNT2 by polymerase chain reaction (PCR). We optimised annealing temperatures for each exon. Then we used single-strand conformation polymorphism (SSCP) for determination of migration patterns of analysed PCR products. Subsequently we sequenced products that showed a different mobility compared to standard samples. So we could determine the primary structure of DNA. Detected sequence changes were compared with databases of mutations and the available literature. We examined 33 exons of the gene MyBPC3 and 15 exons of the gene TNNT2 in group of 47 patients by SSCP and sequencing analysis. We detected 18 types of changes in the gene MyBPC3 in 31 (66%) patients. We detected 31 polymorphisms in group of 27 (57%) patients. We identified five pathogenic mutations in 4 (9%) patients. In this group we detected four frameshift mutations and one missense mutation. We also found 35 changes of unknown significance in 18 (38%) patients. In the gene TNNT2 we found 10 types of changes in 47 (100%) patients. We totally detected 185 polymorphisms (homozygous and heterozygous form) in 47 (100%) patients. We also found 112 intron changes of unknown significance in 45 (96%) patiens. Our results will be implicated in routine diagnostic in the laboratory of molecular biology.	eng
dc.description.defence	1. Prezentace výsledků diplomové práce 2. Diskuze k posudkům vedoucího a oponenta diplomové práce 3. Diplomantka zodpověděla všechny dotazy a přípomínky k DP	cze
dc.description.department	Katedra biologických a biochemických věd	cze
dc.description.grade	Dokončená práce s úspěšnou obhajobou	cze
dc.format	94 s.	cze
dc.format.extent	2589742 bytes	cze
dc.format.mimetype	application/pdf	cze
dc.identifier	Univerzitní knihovna (sklad)	cze
dc.identifier.signature	D21799	cze
dc.identifier.signature	D21799
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/10195/36994
dc.language.iso	cze
dc.publisher	Univerzita Pardubice	cze
dc.rights	Práce není přístupná	cze
dc.subject	Hypertrofická kardiomyopatie	cze
dc.subject	myozinový vazebný protein C	cze
dc.subject	troponin T	cze
dc.subject	Polymerázová řetězová reakce	cze
dc.subject	analýza konformačního polymorfismu jednořetězců	cze
dc.subject	sekvenování	cze
dc.subject	Hypertrophic cardiomyopathy	eng
dc.subject	myosin binding protein C	eng
dc.subject	troponin T	eng
dc.subject	Polymerase Chain Reaction	eng
dc.subject	single-strand conformation polymorphism	eng
dc.subject	sequencing analysis	eng
dc.thesis.degree-discipline	Analýza biologických materiálů	cze
dc.thesis.degree-grantor	Univerzita Pardubice. Fakulta chemicko-technologická	cze
dc.thesis.degree-name	Mgr.	cze
dc.thesis.degree-program	Speciální chemicko-biologické obory	cze
dc.title	Etiologické příčiny hypertrofické kardiomyopatie - analýza genů MyBPC3 a TNNT2	cze
dc.title.alternative	Etiology of HCM - analysis of genes MyBPC3 a TNNT2	eng
dc.type	diplomová práce	cze
dspace.entity.type	Publication