Optimalizace použití trypsinu imobilizovaného na magnetických mikročásticích pro proteomické účely

Netušilová, Kateřina

Publikace:
Optimalizace použití trypsinu imobilizovaného na magnetických mikročásticích pro proteomické účely

Diplomová práceopen access

dc.contributor.advisor	Hubálek, Martin
dc.contributor.author	Netušilová, Kateřina
dc.date.accepted	2009
dc.date.accessioned	2009-07-03T11:41:13Z
dc.date.available	2009-07-03T11:41:13Z
dc.date.issued	2009
dc.description.abstract	Trypsin štěpí proteiny s vysokou specifikou proteinové řetězce v místech peptidové vazby na C-konci argininu a lysinu. Vznikající peptidy jsou vhodné svojí délkou a svým složením pro analýzu hmotnostní spektrometrií. Z tohoto důvodu je trypsin jedním z nejvyužívanějších proteolytických enzymů v proteomice. Cílem této diplomové práce bylo otestovat účinnost štěpení trypsinu imobilizovaného na magnetické mikročástice v porovnání s účinností trypsinu v roztoku. Současně byly hledány optimální podmínky k efektivnímu rozštěpení proteinů s ohledem na reakční dobu. Trypsin byl imobilizován na magnetické mikročástice a použit pro štěpení vzorků obsahujících standardní proteiny - cytochrom C, a-casein, hovězí sérový albumin a jejich směs. Efektivita štěpení imobilizovaným trypsinem byla sledována v závislosti na různém poměru enzymu a proteinu, různé reakční době a na změnách složení štěpícího pufru. Výsledky byly porovnávány se štěpením pomocí nevázaného trypsinu. Produkty štěpení byly v obou případech kvantitativně a kvalitativně analyzovány technikami MALDI-TOF a RP-HPLC. Vyhodnocením výsledků bylo zjištěno, že štěpení imobilizovaným trypsinem v krátkých časových je efektivnější než trypsinem nevázaným. Ovšem např. v případě štěpení hovězího sérového albuminu výsledky svědčí o větší efektivitě štěpení nevázaným trypsinem, a to i v krátkých časových intervalech.	cze
dc.description.abstract-translated	Trypsin cleaves proteins with high specificity at position of C-terminus of Lysine and arginine. Resulting peptides are well suitable for analysis by mass spectrometry in regards of the lenght and their composition. This is the reason why trypsin is applied very often in proteomics. The aim of this thesis was to compare the efficiency of trypsin immobilized on magnetic microparticles with standard trypsin in solution. Optimal conditions of digest epecially in regards of reaction time were sought. Trypsin was immobilized on magnetic microparticles and used for the cleavage of standard proteins - cytochrom C, a-casein, bovine serum albumin and their mixture. Efficiency of the digest of immobilized trypsin was tested in the different protein/enzyme ratio, different reaction time and composition of cleavage buffer. The results were compared with the outcome of cleavage by trypsin in solution. Cleavage products were qualitatively and quantitatively analysed by MALDI-TOF and RP-HPLC. In conclusion, we found that cleavage by immobilized trypsin is more effective than onbound enzyme especially in short cleavage period. However, at leas in case of bovine serum albumin we found the unbound trypsin superior even for the short cleavage period.	eng
dc.description.department	Katedra biologických a biochemických věd	cze
dc.description.grade	Dokončená práce s úspěšnou obhajobou	cze
dc.format	91 s.	cze
dc.format.extent	1731857 bytes
dc.format.mimetype	application/pdf
dc.identifier	Univerzitní knihovna (sklad)	cze
dc.identifier.signature	D20333
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/10195/34080
dc.language.iso	cze
dc.publisher	Univerzita Pardubice	cze
dc.rights	Bez omezení	cze
dc.subject	magnetic microparticles	eng
dc.subject	immobilized enzyme	eng
dc.subject	Proteins	eng
dc.subject	Mass spectrometry	eng
dc.subject	magnetické mikročástice	cze
dc.subject	imobilizace enzymu	cze
dc.subject	Trypsin	cze
dc.subject	proteiny	cze
dc.subject	Hmotnostní spektrometrie	cze
dc.thesis.degree-discipline	Analýza biologických materiálů	cze
dc.thesis.degree-grantor	Univerzita Pardubice. Fakulta chemicko-technologická	cze
dc.thesis.degree-name	Mgr.	cze
dc.thesis.degree-program	Speciální chemicko-biologické obory	cze
dc.title	Optimalizace použití trypsinu imobilizovaného na magnetických mikročásticích pro proteomické účely	cze
dc.title.alternative	Optimization of proteolytic digestion of trypsin immobilized on magentic microparticles for proteomic analysis	eng
dc.type	diplomová práce	cze
dspace.entity.type	Publication