Proteomová analýza mutantních kmenů bakterie Francisella tularensis

Abstract

Cílem diplomové práce byla komparativní proteomová analýza divokého kmene bakterie Francisella tularensis ssp. holarctica FSC 200 a mutantních kmenů s deletovanými geny ?pilC, ?pilQ, ?pilO1, ?pilO. Z uvedených bakteriálních kmenů byly připraveny jak celobuněčné lyzáty, tak i frakce obohacené o membránové proteiny. Všechny vzorky byly děleny 2D elektroforézou v rozmezí pH 3-10 a pH 6-11, digitalizovány pomocí softwaru KODAK 2D Image Analysis. Komparativní analýza mutantních kmenů a divokého kmene byla provedena pomocí programu ImageMaster 2D Platinum 6.0. Byly sledovány kvalitativní a kvantitativní změny proteinových skvrn a dále změny v posunu jejich isoelektrických bodů (?pI) a molekulových hmotností (?MW). Největší rozdíly v proteinové expresi byly nalezeny u mutantního kmene ?pilO2 a proto byla provedena jeho detailní analýza ukončená identifikací změněných proteinů. Identifikace proteinů byla provedena dvěma metodami: MALDI-TOF MS a komparativní analýzou s 2D referenčními proteinovými mapami. V rámci komparativní proteomové analýzy mutantního kmene ?pilO2 a mateřského kmene FSC200 byly pomocí MS identifikovány čtyři proteiny a pomocí srovnávací analýzy s referenční 2D mapou bylo identifikováno 21 proteinů. Vybrané proteiny budou zkoumány v dalších studiích.