Metody sekvenování peptidů pomocí hmotnostní spektrometrie

Vítová, Jitka

Publikace:
Metody sekvenování peptidů pomocí hmotnostní spektrometrie

Diplomová práceOmezený přístup

dc.contributor.advisor	Řehulka, Pavel	cze
dc.contributor.author	Vítová, Jitka
dc.date.accepted	2015	cze
dc.date.accessioned	2015-08-10T07:47:11Z
dc.date.available	2015-08-10T07:47:11Z
dc.date.embargo	2035-05-07	cze
dc.date.issued	2015
dc.description.abstract	Tato diplomová práce, spadající do odvětví proteomiky, je zaměřena na metody sekvenování peptidů pomocí hmotnostní spektrometrie. Teoretická část práce se zabývá zejména charakteristikou aminokyselin, peptidů a bílkovin. Součástí teorie je i shromáždění základních informací o separačních technikách proteinů a hmotnostní spektrometrii, které tvoří základní proteomické nástroje pro analýzu proteinových vzorků. Další část teoretické práce je věnována metodám sekvenování proteinů/peptidů, interpretaci tandemových spekter a přehledu technik úpravy vzorku, které usnadňují interpretaci informace o peptidových sekvencích z tandemových hmotnostních spekter. Experimentální část obsahuje přípravu modelového vzorku směsi peptidů z koňského myoglobinu, zahrnující tryptické štěpení v roztoku a purifikaci peptidů pomocí extrakce na pevné fázi. Dále obsahuje provedení a optimalizaci vybraných technik modifikace vzorku na připravené modelové směsi peptidů a nakonec také přípravu reálného vzorku směsi peptidů neznámého vzorku tryptickým štěpením v gelu za použití optimalizovaných podmínek úpravy vzorku. Použité techniky byly obvykle spojeny s aplikací mikrogradientového zařízení za účelem purifikace nebo separace vzorku. Výsledky analýzy reálného vzorku byly použity pro částečnou de novo sekvenaci analyzovaného proteinu a také jeho identifikaci pomocí databázového vyhledávání. Uvedené postupy a získané výsledky vedly především k zjednodušení derivatizačních protokolů prováděných na stacionární fázi v kolonce a k jejich účinné aplikaci pro analýzu reálných vzorků proteinů separovaných pomocí gelové elektroforézy.	cze
dc.description.abstract-translated	This diploma thesis relates to the field of proteomics and it is focused on methods for peptide sequencing by mass spectrometry. The theoretical part of the thesis deals with characteristics of amino acids, peptides and proteins, and then with the basic information about techniques of protein separation and mass spectrometry, which form the basic proteomic tools for analysis of protein samples. The end of the theoretical part consists of an overview of methods for sequencing of proteins/peptides, interpretation of tandem mass spectra and an overview of sample preparation techniques facilitating the interpretation of the peptide sequences from tandem mass spectra. Experimental part contains preparation of a model peptide mixture sample of horse myoglobin, including the optimized tryptic digestion in solution and purification of peptides by solid phase extraction. This thesis also contains optimization of the selected sample modification techniques with the prepared model peptide mixture and finally the preparation of a real unknown sample of the peptides by in-gel tryptic digestion. The optimized techniques were applied for the analysis both of the model and real peptide sample in combination with the application of microgradient device for purification or separation of the peptide sample. Successful partial de novo sequencing and identification of the real sample by database searching was carried out. The described procedures and the obtained results primarily simplify derivatization protocols performed on the stationary phase in the column. Their effective application for the analysis of real samples of proteins separated by gel electrophoresis was proved in this work.	eng
dc.description.defence	1.Prezentace výsledků diplomové práce. 2. Přečtení posudků vedoucího a oponenta diplomové práce. 3. Diskuze k posudkům vedoucího a oponenta diplomové práce. 4. Studentka odpovídala na vaechny dotazy a připomínky k DP.	cze
dc.description.department	Katedra biologických a biochemických věd	cze
dc.description.grade	Dokončená práce s úspěšnou obhajobou	cze
dc.format	130 s.
dc.format.extent	4522568 bytes	cze
dc.format.mimetype	application/pdf	cze
dc.identifier	Univerzitní knihovna (studovna)	cze
dc.identifier.signature	D32386	cze
dc.identifier.stag	27222	cze
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/10195/60520
dc.language.iso	cze
dc.publisher	Univerzita Pardubice	cze
dc.rights	Práce není přístupná	cze
dc.subject	mass spectrometry	cze
dc.subject	derivatization	cze
dc.subject	SPITC	cze
dc.subject	de novo sequencing	cze
dc.subject	peptides	cze
dc.subject	proteins	cze
dc.subject	hmotnostní spektrometrie	cze
dc.subject	derivatizace	cze
dc.subject	de novo sekventace	cze
dc.subject	peptidy	cze
dc.subject	protein	cze
dc.thesis.degree-discipline	Bioanalytik	cze
dc.thesis.degree-grantor	Univerzita Pardubice. Fakulta chemicko-technologická	cze
dc.thesis.degree-name	Mgr.	cze
dc.thesis.degree-program	Speciální chemicko-biologické obory	cze
dc.title	Metody sekvenování peptidů pomocí hmotnostní spektrometrie	cze
dc.title.alternative	Methods of peptide sequencing using mass spectrometry	eng
dc.type	diplomová práce	cze
dspace.entity.type	Publication