Kvantifikace proteinových vzorků pomocí hmotnostní spektrometrie s využitím stabilních izotopových značek

Vykydalová, Iva

Publikace:
Kvantifikace proteinových vzorků pomocí hmotnostní spektrometrie s využitím stabilních izotopových značek

Diplomová práceopen access

dc.contributor.advisor	Kupčík, Rudolf
dc.contributor.author	Vykydalová, Iva
dc.date.accepted	2021-06-01
dc.date.accessioned	2021-06-07T08:48:16Z
dc.date.available	2021-06-07T08:48:16Z
dc.date.issued	2021
dc.date.submitted	2021-05-07
dc.description.abstract	Tato diplomová práce se zabývá relativní kvantifikací proteinů s využitím stabilních izotopových značek ve vzorcích lidské plazmy pacientů s dilatační kardiomyopatií. Experimentální část práce představuje komparativní proteomickou analýzu zahrnující přípravu proteomického vzorku k analýze - deplece abundantních proteinů, denaturace, redukce, alkylace a acetonová precipitace, tryptické štěpení a značení vzorků izobarickými TMT-sixplex značkami. Takto připravené vzorky byly podrobeny frakcionaci, která byla provedena třemi různými chromatografickými technikami, a to v manuálním uspořádání využívající plynotěsnou mikrostříkačku a příslušnou kapilární kolonku. Kromě již zavedených technik manuální frakcionace peptidů na reverzní fázi v bazickém prostředí a hydrofilní interakční chromatografie byla optimalizována třetí frakcionační technika - iontoměničová chromatografie na silném katexu. Získané frakce byly proměřeny nejprve pomocí LC-UV a následně LC-MS/MS analýzy. K bioinformatickému zpracování dat byl využit software Proteome Discoverer. Některé proteiny s identifikovanou změnou zastoupení mezi analyzovanými skupinami byly popsány.	cze
dc.description.abstract-translated	This diploma thesis deals with the relative quantification of proteins using stable isotope labeling in human plasma samples in patients with dilated cardiomyopathy. The experimental part presents a comparative proteomics analysis including preparation of a proteomic sample for analysis (depletion of abundant proteins, denaturation, reduction, alkylation and acetone precipitation), tryptic digestion and labeling of samples with TMT-sixplex labels. Prepared samples were fractionated by three different chromatographic techniques, in an manual arrangement using a gastight microsyringe with a suitable capillary column. In addition to the already established techniques of manual fractionation of peptides on the reverse phase in a basic environment and hydrophilic interaction chromatography, the third fractionation technique - strong exchange chromatography was optimized. The obtained fractions were measured first by LC-UV and subsequently by LC-MS/MS analysis. Proteome Discoverer software was used for bioinformatics data postprocessing. Several proteins with identified abundance changes between the analyzed groups were reported.	eng
dc.description.defence	1. Prezentace výsledků diplomové práce. 2. Diskuze k posudkům vedoucího a oponenta diplomové práce. 3. Studentka zodpověděla všechny dotazy a připomínky k DP.	cze
dc.description.department	Fakulta chemicko-technologická	cze
dc.description.grade	Dokončená práce s úspěšnou obhajobou	cze
dc.format	102 s.
dc.identifier.stag	41846
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/10195/77698
dc.language.iso	cze
dc.publisher	Univerzita Pardubice	cze
dc.rights	Bez omezení
dc.subject	manuální frakcionace	cze
dc.subject	TMT-sixplex	cze
dc.subject	SCX	cze
dc.subject	hmotnostní spektrometrie	cze
dc.subject	bioinformatika	cze
dc.subject	manual fractionation	eng
dc.subject	TMT-sixplex	eng
dc.subject	SCX	eng
dc.subject	mass spectrometry	eng
dc.subject	bioinformatics	eng
dc.thesis.degree-discipline	Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví	cze
dc.thesis.degree-grantor	Univerzita Pardubice. Fakulta chemicko-technologická	cze
dc.thesis.degree-name	Mgr.
dc.thesis.degree-program	Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví	cze
dc.title	Kvantifikace proteinových vzorků pomocí hmotnostní spektrometrie s využitím stabilních izotopových značek	cze
dc.title.alternative	Quantification of protein samples using mass spectrometry and stable isotope labeling	eng
dc.type	diplomová práce	cze
dspace.entity.type	Publication