Metody sekvenování peptidů pomocí hmotnostní spektrometrie
Diplomová práceOmezený přístupDatum publikování
2015
Autoři
Vítová, Jitka
Vedoucí práce
Oponent
Název časopisu
Název svazku
Vydavatel
Univerzita Pardubice
Abstrakt
Tato diplomová práce, spadající do odvětví proteomiky, je zaměřena na metody sekvenování peptidů pomocí hmotnostní spektrometrie.
Teoretická část práce se zabývá zejména charakteristikou aminokyselin, peptidů a bílkovin. Součástí teorie je i shromáždění základních informací o separačních technikách proteinů a hmotnostní spektrometrii, které tvoří základní proteomické nástroje pro analýzu proteinových vzorků. Další část teoretické práce je věnována metodám sekvenování proteinů/peptidů, interpretaci tandemových spekter a přehledu technik úpravy vzorku, které usnadňují interpretaci informace o peptidových sekvencích z tandemových hmotnostních spekter.
Experimentální část obsahuje přípravu modelového vzorku směsi peptidů z koňského myoglobinu, zahrnující tryptické štěpení v roztoku a purifikaci peptidů pomocí extrakce na pevné fázi. Dále obsahuje provedení a optimalizaci vybraných technik modifikace vzorku na připravené modelové směsi peptidů a nakonec také přípravu reálného vzorku směsi peptidů neznámého vzorku tryptickým štěpením v gelu za použití optimalizovaných podmínek úpravy vzorku. Použité techniky byly obvykle spojeny s aplikací mikrogradientového zařízení za účelem purifikace nebo separace vzorku. Výsledky analýzy reálného vzorku byly použity pro částečnou de novo sekvenaci analyzovaného proteinu a také jeho identifikaci pomocí databázového vyhledávání.
Uvedené postupy a získané výsledky vedly především k zjednodušení derivatizačních protokolů prováděných na stacionární fázi v kolonce a k jejich účinné aplikaci pro analýzu reálných vzorků proteinů separovaných pomocí gelové elektroforézy.
Rozsah stran
130 s.
ISSN
Trvalý odkaz na tento záznam
Projekt
Zdrojový dokument
Vydavatelská verze
Přístup k e-verzi
Práce není přístupná
Název akce
ISBN
Studijní obor
Bioanalytik
Studijní program
Speciální chemicko-biologické obory
Signatura tištěné verze
D32386
Umístění tištěné verze
Univerzitní knihovna (studovna)
Přístup k tištěné verzi
Klíčová slova
mass spectrometry, derivatization, SPITC, de novo sequencing, peptides, proteins, hmotnostní spektrometrie, derivatizace, de novo sekventace, peptidy, protein