Tato diplomová práce se zabývá využitím nových trendů v oblasti mikrofluidiky a současně využitím magnetických mikro- a nanočástic v bioanalytických aplikacích. Cílem práce bylo sestavení vhodného schématu pro využití mikrofluidních pump a ventilů pro aplikace ve vybraném mikrofluidním čipu a dále porovnat funkčnost provedení analýz v mikrofluidním systému se standardním vsádkovým uspořádáním. Testovány byly tři bioanalytické aplikace. Štěpení alfa-kaseinu trypsinem navázaným na magnetických částicích. Fosforylace peptidového substrátu, na jehož základě byla dále testována operační stabilita použitého nosiče, a izolace ovalbuminu ze standardní směsi proteinů. Všechny uváděné aplikace byly úspěšně převedeny do mikrofluidního uspořádání.