Předložená diplomová práce se zabývá technikami úpravy proteomického vzorku pro snadnější interpretaci tandemových hmotnostních spekter za účelem de novo sekvenace proteinů. V experimentální části byly provedeny modifikační reakce tryptických peptidů myoglobinu. Na stacionární fázi v kolonce (s následující separací) byly provedeny reakce s O-methylisomočovinou a 4-sulfofenylisothiokyanátem, dále dimethylace formaldehydem (lehkým a deuterovaným). V roztoku byla provedena reakce
s 4-chlorosulfofenylisothiokyanátem a esterifikace peptidických karboxylů ethanolem. Jako efektivní metody se ukázaly být oba typy modifikačních reakcí prováděných na kolonce. Modifikace O-methylisomočovinou a 4-sulfofenylisothiokyanátem poskytovala přehledná fragmentační spektra obsahující y-ionty, což spolu s protokolem pro aplikaci obohacení peptidů obsahujících sulfonové skupiny usnadňuje hmotnostně spektrometrickou analýzu složitějších směsí. Podobně dimethylace peptidů pomocí formaldehydu po jejich předchozí guadinylaci umožnila identifikovat N-terminální ionty pomocí dvojic píků s konstantním rozdílem a usnadnit tak interpretaci MS/MS spekter peptidů.
