Analýza proteinů a peptidů bakterie Francisella tularensis za účelem výběru identifikačních a typizačních markerů
Diplomová práceOtevřený přístupDatum publikování
2009
Autoři
Vedoucí práce
Oponent
Název časopisu
Název svazku
Vydavatel
Univerzita Pardubice
Abstrakt
Analýza proteinů a peptidů intracelulární bakterie Francisella tularensis pomocí hmotnostní spektrometrie odhalila identifikační a typizační markery, které mohou pomoci k rychlé detekci tohoto potencionálního bojového agens. Proteiny byly získány z bakteriálních acetonitrilových extraktů a celobuněčných lyzátů. Štěpením proteinů proteolytickým enzymem trypsinem byly získány peptidy, které byly následně analyzovány kombinací separační techniky vysokoúčinné kapalinové chromatografie s analýzou tandemovou hmotnostní spektrometrií. Naměřená data byla poté zpracována databázovým vyhledávacím programem Phenyx. Použitými nástroji pro nalezení identifikačních a typizačních markerů byly databáze DataProt a UniProt. Těmito metodami se podařilo detekovat a identifikovat velké množství proteinů a peptidů. Zpracováním dat bylo v této datové sadě objeveno 34 peptidů Francisella tularensis holarctica LVS a 63 peptidů Francisella tularensis tularensis Schu S4, které se vyskytovaly v 80 % všech vzorků (bez ohledu na metodu přípravy vzorků). Porovnáním sekvencí proteinů mezi různými kmeny dané bakterie se podařilo určit 11 peptidů obsažených v 80 % vzorků, v jejichž sekvenci se nachází odlišné aminokyselinové místo v závislosti na daném kmenu bakterie. Tyto peptidy se mohou stát vhodnými kandidáty pro identifikaci a typizaci Francisella tularensis.
Rozsah stran
87 s.
ISSN
Trvalý odkaz na tento záznam
Projekt
Zdrojový dokument
Vydavatelská verze
Přístup k e-verzi
Bez omezení
Název akce
ISBN
Studijní obor
Analýza biologických materiálů
Studijní program
Speciální chemicko-biologické obory
Signatura tištěné verze
D20342
Umístění tištěné verze
Univerzitní knihovna (sklad)
Přístup k tištěné verzi
Klíčová slova
tandem mass spectrometry, Proteins, peptides, Francisella tularensis, tandemová hmotnostní spektrometrie, proteiny, peptidy, Francisella tularensis